Mekanisme pengelolaan pengaduan di lingkungan KPKNL sebagai berikut:
- Pengguna jasa menyampaikan pengaduan mengenai kualitas pelayanan (prosedur, waktu dan biaya pelayanan, kondisi kantor, dan sikap petugas yang memberikan pelayanan) ke kanal pengaduan yang disediakan
- Petugas layanan atau pengawas yang bertugas pada saat itu mencatat, mengumpulkan informasi, membuat laporan, dan menyampaikannya kepada Seksi Kepatuhan Internal
- Kepala Seksi Kepatuhan Internal melakukan verifikasi dan selanjutnya apabila:
- Ada indikasi kebenaran pengaduan, maka Kepala Seksi Kepatuhan Internal melaporkan kepada Kepala KPKNL mengenai hasil verifikasi dan rekomendasi tindak lanjut terhadap pengaduan tersebut serta menyampaikan konsep surat tanggapan pengaduan pengguna jasa. Selanjutnya Kepala KPKNL melakukan tindakan dalam upaya peningkatan kualitas pelayanan sesuai dengan pengaduan
- Tidak ada indikasi kebenaran pengaduan, maka Kepala Seksi Kepatuhan Internal melaporkan kepada Kepala KPKNL mengenai hasil verifikasi terhadap pengaduan tersebut dan menyampaikan konsep surat tanggapan pengaduan kepada pengguna jasa
4. Pengguna jasa menerima surat tanggapan dari KPKNL