BBPPTP Surabaya merupakan salah laboratorium pelaksana uji profisiensi yang telah terakreditasi oleh Komite Akreditasi Nasional (KAN) dengan nomor PUP-010-IDN. Uji profisiensi adalah untuk menentukan dan memonitor kesinambungan unjuk kerja laboratorium pengujian mutu benih tanaman perkebunan. Bagi laboratorium peserta, uji profisiensi bermanfaat untuk : Memberikan motivasi dalam memperbaiki unjuk kerja pengujian mutu benih tanaman perkebunan dan dalam upaya peningkatan komptensi laboratorium.
Pelayanan pengujian residu pestisida dan logam berat meliputi : screening residu pestisida, kadar residu pestisida, kadar logam berat pada hasil perkebunan